在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事。王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。熊廷弼认为要守住广宁就行了，完全否决了王世贞的作战思想，认为那样兵力分散，容易被敌人各自击破，大老板、领导明熹宗支持了熊廷弼。王化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在熊廷弼身上。四方援辽的军队，王化贞改名号为“平辽”，辽人很不愉快。熊廷弼改为“征东”番号。点滴矛盾激化了王化贞与熊廷弼之间关系，变得很紧张，朝廷没有及时纠正，如果调走一个主官就好了，避免内耗。

王化贞这位老几读了几本兵书，自认为很懂军事，轻视大敌，好说大话，下属的劝说都没有采纳。尤其是与直接领导、顶头上司熊廷弼抵触得厉害，搞不好关系。他妄想投降后金的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，只想借着蒙古人的实力不战而获全胜，专心搞外交和间谍工作，一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。熊廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他，又碰上了王化贞这个主，更加无法实现自己的心愿，而熊廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。？

这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。但是王化贞始终还是个好样的汉字，关键时候顶得住，受命于危难之时，在广宁危若累卵的时候，独力支撑了八个多月，谁不同情呢？但可惜为人朴实，不懂兵法，想利用虏而反为虏用，欲用间而反为间用。孙得功这样的人每日围在他左右，被骗得团团转。吹牛说要渡河决战。结果一打起来，敌骑还在百里之外，就丢弃广宁，一个人骑着马连夜逃走了。

王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。正月二十二日在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来。

王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，搞起了卖主求荣的打算，真是可恨，绝对的汉奸，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。

王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。但熊廷弼只是看王化贞闹笑话，将物资一律烧毁，引导数十万军民退守山海关，却没有进行最后的广宁保卫战，于是金兵不费一兵一卒占领辽东，成为后来魏党杀熊廷弼的一大口实。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊，天启二年（1622年）二月，朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。

魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。明熹宗恼了，于是在天启五年（1625年）八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。

熊廷弼第一次巡佐辽东有功，第二次有功，第三次则有功、有过。他虽被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施，即使没有王化贞扯后腿，广宁（今辽宁北宁市）之失也是必然的结果。努尔哈赤虽然击败了王化贞，但女真兵力并不足以占据辽东。此时明军主力尚存，若熊廷弼坚守宁远，应该能守住。而熊廷弼却因与王化贞斗气而错误的放弃了整个辽东。