福建督军孙道仁尽管借袁世凯的手斗赢了对头同盟会出身的彭寿松，一时军政大权独揽，但是随着许崇智率前民国第十四师的回归，孙道仁对福建的控制力度大减。

二次革命的初期，许崇智逼迫孙道仁通电反袁，可见一斑。许崇智这个人没有什么太大的野心，军事才能倒是比较突出的。此人据说过目不忘，但是出身好，聪明人的懒毛病在许崇智的身上得到了充分的体现。作为日本士官学校步兵科第九期（日本的正式算法，国内有另外一种算法，大概跟中国学生就读的时间有关。）的毕业生，许崇智成绩一般，他的同学有一帮学习很厉害的，比如，蒋方震、蔡锷、张孝淮、荒木贞夫、真崎甚三郎、小矶国昭、本庄繁、松井石根、阿部信行等等。（注：有读者说，日本陆军士官第一名天皇是不授军刀的，蒋百里的事迹是编的段子往中国人的脸上贴金。不知道这个说法从哪来的，反正我没看过。我所知道的关于蒋方震第一名获授刀一事，消息来源有二，一为陶菊隐先生的吴佩孚、蒋方震合专《狷介与风流》，二为萨苏先生一本根据日本史料看抗战的书《国破山河在》。）

许崇智尽管心向孙文，但是客观事实可以看到，民国已经在走向正轨。尽管许崇智身边有一群人在诋毁新的民国政府，并以南京、杭州、广州之变为例子，说明方剑雄这个反动军阀正在搞军事独裁政府，新的民国不是真正意义上的民国。

国防军总参谋长蒋方震给这个同学写了一封亲笔信。该信的核心内容，就一句话，军队国家化是我辈军人毕生追求的强国必由之路。也许是这封信起了作用，也许是温州集结的国防局发挥了作用，最终许崇智放弃了军事对抗中央的作法，通电下野，去芜湖陆军大学进修。

许崇智的举动，直接导致原陆军第十四师的军心涣散。剩下一个孙道仁自然没啥好扑棱的，此君虽然对权力有足够的欲望，但还是很识趣的。很快跟着通电全国，放弃自治。

整个五月，中华民国实际统一进程相当的顺利，大概是一个稳定的中国符合大英帝国的利益这一前提下，英国政府没有做出任何的反应。倒是日本人活动的身影频繁。江苏、浙江、福建、广东等省份，都有日本人在地方政府放弃自治之后黯然离去的背影。这个过程，有点向临时上的二次革命后期，日本在民党的革命过程中，很是出了一些力气。奈何烂泥扶不上墙，革命同志们纷纷黯然东渡。这一时空，因为民党内部的分裂，加上政治气候也比较温和，日本人能做的事情就更少了。民党在国会内部有一定的席位，不是没有参政的机会。离开民党的黄兴，带走了一票民党的军事人才。有机会参政，民党内部的声音本就不统一，有人要搞议会政治对抗，有人要搞军事对抗。最终的结果，还是参政派占据了上风。

随着南方传檄而定，东北的赵尔巽在张作霖的劝说下，于六月初通电放弃了自治的初衷。随后前往北京，加入国民政府，成为一名总统府高级参议。因为孙宝琦喝汤化龙的关系，立宪派在这一时期的民国政府内部显得相当的强势。

随着赵尔巽的放弃，张作霖在东北宣布接受国防军的整编。六月中，国防军进入奉天，随后民国政府改奉天为沈阳。六月底，许兰州、孟恩远宣布接受国防军的整编，七月底，东北各项归附工作基本告一段落。

西北，一边剿匪一边整编的工作进行的也很顺利。陕西的张凤翙、陈树藩，河南的王天纵、刘斌，湖北方面的欧阳武等部，前后总计为五个乙种师，部分甲种师抽调旅、团一级部队参与剿匪。精锐的特战旅，在这一次剿匪过程中大方异彩，其他部队四面围困的时候，特战旅孤军深入，在三省交界的山区地带，多次采用偷袭的方式，重创白朗匪帮。

八月初，白朗所部被围困在熊儿山区，四面铁桶合围之下，白朗匪军内部发生内乱。一部分原河南官兵军官勾结起来，派人刺杀白朗，结果白朗身中三枪，但是未击中要害。匪军内部混战一团，国防军闻讯发动全面围剿，在部分投降的匪军的引领下，顺利将白朗为核心的一千多土匪包围在一座小山上。

白朗最终枪伤不治身亡，余部作鸟兽散，纷纷下山投降，个别土匪选择了藏匿。白朗匪患就此终结，消息传到京城，民国中央政府通电全国，并发布命令称：长期以来，地方武装客观上成为了地方乱源，河南匪患严重，与地方武装林立有很大的关系。经内阁草拟，国会审议，即日起取缔一切河南地方武装，收缴地方枪支。但凡有对抗中央，决绝合作的地方势力，坚决予以镇压。