自作聪明的诺米纳与其弟鼐喀达还天真地以为努尔哈赤不知道自己偷偷告密的事情，反而自投罗网，主动提出和努尔哈赤一起攻打巴尔达城。努尔哈赤仿照诺米纳，以其人之道还治其人之身，假装同意一起作战。努尔哈赤请诺米纳先攻，米纳不从。出来混的，总是要还的，这个时候是诺米纳归还的时候了，努尔哈赤便使用预定之计，四面包抄，轻而易举地除掉了诺米纳。接着，努尔哈赤灭掉李岱驻守的兆佳城，攻占苏克苏浒部、董鄂部。
努尔哈赤在对取得胜利之后，又剑指苏克苏浒部左邻之哲陈部。努尔哈赤以披甲兵二十五、士卒五十攻打哲陈部界凡城，但因对手准备充分，努尔哈赤无所斩获。当回师至界凡南部太兰冈之时，界凡、萨尔浒、东佳、巴尔达四城之主率四百追兵赶来。玛尔墩城之战的败军之将、界凡城主讷申、巴穆尼等率先逼近，努尔哈赤单骑回马迎敌。讷申将努尔哈赤马鞭斩断，努尔哈赤回马挥刀砍中讷申后背，将其劈为两段，又回身一箭击毙巴穆尼。追兵见主帅阵亡，呆立一旁。努尔哈赤亲自殿后，用疑兵之计与其部属七人将身体隐蔽，貌似有伏兵一样仅露头盔。对方失去主帅，军心不稳，又担心有伏兵，因此不敢再追。四月，努尔哈赤再率绵甲兵五十、铁甲兵三十征哲陈部，途中遇界凡等五城联军八百。面对十倍于己的敌军，努尔哈赤的五祖包朗阿之孙札亲和桑古里卸下身上的铠甲，交给别人，准备逃跑。努尔哈赤怒斥二人后，与其弟穆尔哈齐、近侍颜布禄，兀凌噶四人射杀敌军二十余人。敌军虽众，但畏于努尔哈赤一方之勇猛，士气大衰，纷纷溃逃。努尔哈赤追至吉林崖，大获全胜。
万历十四年（1586年），努尔哈赤攻克鹅尔浑，尼堪外兰逃到明朝领地。努尔哈赤请求明边吏押还尼堪外兰，并将他处死。万历十四年（1586年），在“建州老营”的废址上建城，该城在天命六年（1621年）后金迁都辽阳后被称为佛阿拉，即“旧老城”（今新宾县永陵镇二道村）。万历十五年（1587年），努尔哈赤再攻哲陈部山寨，杀寨主阿尔太，又派额亦都攻打巴尔达城。至浑河，河水因涨潮无法淌过，额亦都以绳将士兵相互连接，鱼贯而渡。渡河后，额亦都夜袭巴尔达城，守军没有防备仓促应战，额亦都则率领士兵奋勇登城。额亦都身中创伤五十多处，依然不退，最后一鼓作气攻克巴尔达城。额亦都因此战获赐“巴图鲁”勇号。随后努尔哈赤领兵攻打洞城，城主扎海投降。至此，哲陈部完全被努尔哈赤吞并。
万历十六年（1588年）九月，苏完部长索尔果、董鄂部长何和礼、雅尔古部长扈尔汉率三部军民归附努尔哈赤，使其声势大震。努尔哈赤厚待来投之诸部首领，以索尔果之子费英东为一等大臣、将长女许配给何和礼、并收扈尔汉为养子，赐姓觉罗。后来，费英东、何和礼、扈尔汉与努尔哈赤刚刚起兵之时的麾下猛将额亦都、安费扬古并称“五大臣”，成为努尔哈赤政权中的中流砥柱。其后，努尔哈赤再战兆佳城，斩城主宁古亲章京。同年，努尔哈赤攻克完颜（王甲）城，消灭了建州女真的最后一个对手完颜部。经过5年的征战，努尔哈赤相继征服建州5部。
从明万历十九年（1591年）正月开始，努尔哈赤挥师东向，攻取鸭绿江路。万历二十一年（1593年）末，相继征服珠舍里路和讷殷路，将长白山部纳入自己的势力范围。进而，他出兵夺取东海部。由于努尔哈赤于万历十五年（1588年）六月正式颁定国政，自称淑勒贝勒之后，就引起海西女真的不满。
努尔哈赤实力激增的同时，也搞好外交关系，通过打点关系，他与明朝辽东总兵李成梁达成了谅解备忘录，尽弃前嫌，定期不定期地将数量巨大的牛羊、马匹、人参、貂皮、东珠、银两和奴隶等，输送进大明辽东总兵府，以求寻得明朝及辽东总兵的支持。不仅送礼物，还送夫人，将自己弟弟舒尔哈齐的女儿嫁到李成梁家，成为李成梁二儿子——后来大明辽东总兵李如柏的如夫人。李成梁将军吃人嘴短，拿人手短，纵容或默许了努尔哈赤发展实力。因此，明王朝的覆灭，李成梁大人要承担领导责任的，对于这样的****问题，没有做到早发现，早处理，早消灭在萌芽状态，而是小事拖大，大事拖炸，最终到了不可收拾的程度。
李总兵在他的总兵府享受东北特产及美女的同时，努尔哈赤一刻也没有清闲过。万历二十一年（1593年）九月，正当努尔哈赤率兵东向，征讨长白山各部的时候，海西女真叶赫部首领卜寨联合乌拉、辉发、哈达及蒙古科尔沁等9部向建州发动进攻。双方战于古勒山。努尔哈赤集中兵力，攻其主力，大败9部联军，阵斩卜寨，生擒乌拉部首领布占泰，从而为其统一战争奠定了基础。由于海西势力强大，难以迅速征服，努尔哈赤遂采取远交近攻、分化瓦解，各个击破的策略。在与明廷深示臣服，与朝鲜、蒙古表示友善的同时，重点拉拢势力较强的叶赫、乌拉二部。
万历二十四年（1596年）七月，努尔哈赤送回布占泰，支持布占泰为乌拉首领，又娶其妹为妻。万历二十五年（1597年）正月，又与叶赫首领布杨古、锦台失联姻，椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达部和辉发部。万历二十七年（1599年）九月，努尔哈赤以背盟为由，灭掉哈达部，擒杀猛格孛罗。同年，努尔哈赤采用了蒙古文字而为满语配上了字母。
海西女真的削弱，使努尔哈赤得以全力进攻东海部。从万历二十六年（1598年）正月至万历四十三年（1615年）十一月，努尔哈赤连续进兵东海，相继征服渥集部的瑚叶路、那木都鲁、绥芬、宁古塔、尼马察、雅兰、乌尔古宸、木伦、西林等路，攻占渥集部东额赫库伦城，东海库尔喀部亦纷纷归附，努尔哈赤实力得到进一步增强。