袁世凯接到冯玉祥部损失惨重的电报之后，大敢震惊，冯玉祥是什么样的人他很清楚，对于冯玉祥这支队伍他也是非常了解，吃了这样的败仗着实有些想不明白。不禁感叹胡国军这次当真不好对付。至于刘存厚，袁世凯早就意料到他会反叛，平日里跟唐继尧走的那么近，怎么可能不受他的影响。

护国军击败冯玉祥后不久，由成都顺江而下的陈宦亲军倪文翰部，又在犍为以南登陆，进窥叙州。刘云峰一面令城内守军抗击敌人，一面急调叙东部队沿江西进，从吊黄楼渡到岷江南岸，抄袭敌军后路，五日战斗之后又击败了由屏山方向犯叙的川军朱登五部。至此，护国军第一梯团利用袁军缺乏统一指挥和协同动作的弱点，激战七八昼夜，终将四路敌人各个击破，挫败了陈宦反攻叙州的计划。冯玉祥旅乘隙由自流井进攻叙州。刘云峰率部凭险抗击，终因兵单不敌，放弃叙州，退守横江。

然而冯玉祥居然也有反对袁世凯的想法，居然出人意料的忽然响应云南讨袁之意，在进占叙州后，即顿兵不前，叙州方面的战局遂成相持状态。袁世凯催促了一次，冯玉祥只是答应但是仍按兵不动。袁世凯也干着急。

袁世凯料定护国军下一部将攻打泸州，于是电告陈宦，泸州有失，你提头来见。陈宦这一次果然拼命，护国军虽然认为自己是出敌不意攻击泸州，然而陈宦早就做足了安排，因此泸州守住了。袁世凯这次立马奖励五千大洋给陈宦，以安军心。

蔡锷赶到纳溪前线，研究了前线形势，决定对纳溪发动攻势。以右翼何海清支队为主攻部队，向朝阳观方向实施突击，其它各支队均依托现阵地牵制当面敌人，同时集中炮火压制朝阳观之敌，支援何海清支队作战。护国军企图以集中火力的方式，首先突破袁军左翼阵地，为全面反击打开缺口。与护国军反击行动几乎同时，袁军为打破战场僵局，命川军团长刘湘率所部从长江北岸的石棚向纳溪对面运动，企图抄袭纳溪护国军的侧后。蔡锷闻讯后，立即令何海清所部拨出一营，于当夜秘密渡江，协同已在江北的刘存厚师一个营，驱逐江左之敌。护国军迅速击退了刘湘团，占领了石棚附近之方山，以保障护国军翼侧的安全。然而由于刘湘团的袭扰，蔡锷企图首先突破袁军左翼阵地的作战计划未能实现。

纳溪战线稍趋稳定后，蔡锷对指挥人员作了必要的调整。鉴于董鸿勋初战失利，撤销其第三支队支队长职务，改由第六支队长朱德接任，第六支队长则由第三梯团参谋长王秉钧补任。为确保反击作战顺利进行，蔡锷与刘存厚亲自带领督战队，在进攻部队后面督战，明令“凡无命令后退者，立即当地枪毙”。

护国军在左起长江边右至双河场绵亘十余里的战线上，冒着绵绵细雨，不顾料峭春寒，夜以继日地奋力猛攻，多次与敌短兵相接，白刃格斗。经数日激战，护国军虽在左右两翼取得一些进展，但由于袁军兵力较厚，注意纵深设防，并占据石保沟、朝阳观等险要据点，以致始终未能攻破敌之正面阵地。这次作战，护国军虽予敌以重大杀伤，但本身也伤亡和失踪不下千人，兵力大为减弱。蔡锷感慨地说：“此三星期之剧战，实吾国有枪炮后之第一战也。”。

护国军几次反攻均未能达到预期目的，且因连日激战，官兵伤亡颇重，弹药消耗殆尽，又得不到后方接济，形势极为严重。此时，罗佩金、刘存厚等人“深以子弹不给，士气不扬，疲劳太甚为虑”，建议暂时退却。

蔡锷起初不以为然，认为退却对战争全局影响甚大，恐一退而不可收拾。但是实在经不起部下多方促迫，于是下令后撤。这是护国军讨袁以来第一次大规模撤退。事实上撤退这种事情有第一次就有第二次，第一次撤退之后想要再打出漂亮仗几乎是不可能的。正如人生也是一样，妥协了第一次之后，后面便会不停的妥协。

北洋军在第一阶段作战中，虽然依仗兵力优势，取得了一些胜利，但也付出了很大的代价。北洋军遇到的主要困难，除士气低落外，就是对战场条件不适应。川南地区山高林密，地形复杂，且时值气候多变，雨雪连绵。在北方平原地区训练出来的北洋军，来到崎岖泥泞的山地作战，经常打滑跌胶，行动非常困难。据称，北洋军进入川南以后，由于山路险窄，所有枪炮弹药和急需物品均雇民夫抬运，陆炮每尊需民夫七十人，山炮每尊需三四十人，一个混成团需民夫一千一百余人，以致一个营开进，行军长径十余里。由于地形不熟，机动困难，所以护国军退却时，北洋军只占领了纳溪等地，未敢继续追击。

这件事在后来袁世凯自觉不适，叫来徐世昌、段祺瑞等人 时，一再说明。但是段祺瑞反问了一句，“明知道咱们多半都是北方士兵，为什么非得派到川南 去作战。”袁世凯一是被呛，竟无言以对。但是心里却在暗骂，当初战斗的时候你在什么地方？！现在反倒质问起我来了。实际上段祺瑞反对袁世凯称帝，早就被迫辞去多日，这一次如果不是黎元洪等人力邀，他也不会来见老袁。