据王方情报，崇祯二年十一月十五日，崇祯逼迫宣大总兵满贵出战，满桂指挥宣大军和后金军激战一天不敌，于是就退向关宁军的方向，不想对方就是一片铺天盖地的箭雨飞来，杀害了众多宣大军士卒，满桂也中了五箭。满贵持箭上殿与袁崇焕对质。

满桂解开衣甲给皇帝和阁臣们展示过伤口后，崇祯也彻底傻眼了，他有些手足无措地问阁臣：“众卿家可有什么见解？”

众臣无言以对，就连一项力挺袁崇焕的文臣也不能发出一言一句。

满桂一听就又在下面嚷嚷起来：“皇上，袁督师这是存心要射死微臣啊，他已经害了毛帅和赵帅了，现在就轮到我了。”

孙承宗和几个阁臣此时也已经傻眼了，人家满贵证据确凿让人辩无可辩。自打让袁崇焕督师以来，袁崇焕已经干下了太多惊世骇俗的事情，上次是擅杀钦差大臣、一品节将，让后金再无后顾之忧，这次竟然被总兵官当殿控告谋杀，实在是闻所未闻：“圣上，臣以为，还是让蓟辽督师来和满帅对质吧。”

十一月二十三日，崇祯把袁崇焕招来和满桂当着内阁地面对质，袁崇焕不能答，细细想起以前宗宗件件，似乎明白过味的崇祯皇帝终于爆发了，让左右把袁崇焕下诏狱，“朕以东事付袁崇焕，乃胡骑狂逞，崇焕身任督师，不先行侦防，致深入内地。虽兼程赴援，又箝制将士，坐视yin掠，功罪难掩，暂解听勘！”

二十四日，祖大寿劫持督师印信宝剑出逃。

在关宁军叛乱后，崇祯终于大发雷霆，下令彻查袁崇焕在京畿作战中的指挥。很快蓟门一线的指挥部署就被交到了皇帝面前，几天前袁崇焕纵敌入关后，崇祯还亲自为他辩解，说袁崇焕只是“不派侦防，竟让敌潜越。”

调查结果由曹化淳捧给崇祯，袁崇焕和关宁铁骑又绕大圈，置通州、顺义等地的友军于不顾，一门心思的往京师撤退，放任京畿地区被敌军铁蹄蹂躏。崇祯震惊过后就是狂怒：“避敌不战、纵敌长驱，传旨，立刻将两处守将锁拿进京，穷治其罪。”

曹化淳愣了一下，小心地建言道：“万岁爷，他们都有蓟辽督师的手令。”

这种荒谬的命令也能执行么？”崇祯已经气愤得失去理智，他忘记了到底是谁曾给袁崇焕撑腰，以致会有这样的后果：“避敌不战就是避敌不战，立刻把这两个人下诏狱。”

“遵旨。”曹化淳见皇帝气得厉害，也就不再劝说了，后来这两者都论罪死、斩立决。

这次孙承宗没有替袁崇焕说话，也实在无话可说，而是向皇帝建议由他写一封信给关宁军。把这些叛军召回。孙承宗是第一任辽东督师，在关宁军中一向有威望，崇祯怒气稍消：“如此，就有劳阁老了。”

袁崇焕被抓、关宁军叛乱后，后金军得到消息，也开始撤离京师，皇太极将那个和尚留在BJ城里，然后带兵驻跸南海子，继续抢掠各地。京师解围后百姓民谣曰“投了袁督师，东人跑一半。”可见袁崇焕所做事情多么的不得人心。